大豆异黄酮有两种形态：
一种是分子量大、活性低的配糖体异黄酮，肠道吸收率只达20%。
天然的大豆异黄酮大多含有糖基，不易被人体吸收，需经由肠内细菌分解产生无糖基的大豆异黄酮才易为人体吸收利用。

不同结构的异黄酮会有不同的活性与吸收率：

配糖体异黄酮（Aglycone Form）：如Genistein、Daidzein，分子量较小，在人体肠道的吸收率大约可达到90%。
非发酵性豆制品，如豆腐、豆干、豆浆所含的大豆异黄酮都是活性低的配糖体异黄酮，吸收率不高。
发酵豆制品包括味精、豆豉、腐乳和酱油等食品，这些豆制品除了含有大豆固有的优质营养，还含有丰富的去糖体异黄酮，它是大豆和豆腐中原有的异黄酮经发酵转化的，但比原有的异黄酮功能性更强，且更易吸收。
如果想要以萃取出的大豆异黄酮来做为保养，也必须区分保健产品中的异黄酮结构是否为发酵过的去糖体异黄酮形式。