关于绝经后人工合成激素应用的风险，主要是乳腺癌和子宫内膜癌、静脉血栓和心血管疾病。
（1）、乳腺癌
乳腺癌与人工合成激素治疗是否相关仍有争议。多项的研究始终未能完全证实激素补充治疗与乳腺癌的关联。针对美国妇女健康倡导（WHI）研究和英国“百万妇女研究”（MWS）得出的激素治疗增加乳腺癌风险的看法，国际绝经学会在2005年进行的修正声明中指出，WHI和MWS古语激素治疗增加乳腺癌风险的说法不能肯定，理由是这两项研究的设计都有很大的局限性，入选人群年龄偏大，大多数受试者是超重或肥胖者，这些人即使不用激素也容易患乳腺癌。近期欧洲的观察性研究认为5年后乳腺癌的风险可能增加。而大部分的研究显示激素治疗并不增加乳腺癌的风险，所以最新的认识是“应该是妇女放心的是乳腺癌与激素治疗关系不大”。
（2）子宫内膜癌
单用人工合成雌激素会导致子宫内膜增生或子宫内膜癌。有子宫的妇女，在补充雌激素的同时应该补充孕激素，这样可以保护子宫内膜，避免发生子宫内膜癌。
（3）静脉血栓和心血管疾病
与人工合成激素治疗相关的严重静脉血栓栓塞和心血管疾病的危险性随年龄增长而上升，而且这种危险性也和肥胖、高血压等因素有关。在60岁以后，人工合成激素治疗可能会增加中风等心血管等疾病的风险。
人工合成雌激素副作用大，风险高，只适合短期救急服用，长期保养还是大豆异黄酮这种植物雌激素最适合。