大豆异黄酮最普遍的应用认知在于改善女性荷尔蒙的相关症状。

早期化学合成荷尔蒙疗法HRT被认为会增加冠心病、中风、静脉血栓、乳癌发生率。使用天然的大豆异黄酮的类雌激素作用，一样可以舒缓生理及更年期不适，但是免除致癌的威胁，因此渐渐成为荷尔蒙的替代疗法的主流。
 
植物雌激素的[双向作用]
 
国内外学者研究指出，大豆异黄酮可作用在雌激素的接受体上，产生类似女性荷尔蒙的生理活性，但其作用效价甚低，约为1/100—1/1000，故亦称为温和的雌激素（Weak estrogen），然而却具有抗Estrogen（Antiestrogen）的效应。
最特别的是它同时具有女性荷尔蒙的[拮抗剂]或[微弱同功异质体]两种效果。
1、拮抗竞争作用：对于荷尔蒙分泌正常，健康的年轻女性，因为异黄酮类结构与雌激素相近，故能和雌激素受体竞争结合位置，组织因为过多的雌激素与其受体结合而降低乳癌、子宫颈癌的危险性。
2、同功异质体：对荷尔蒙分泌渐渐减少，更年期妇女而言，大豆异黄酮可以补充雌激素作用，改善因雌激素下降所产生的症状。
3、如果想要借由补充大豆异黄酮来降低女性癌症繁荣发生几率，应尽早于年轻开始使用，若等到更年期才开始做乳癌、子宫颈癌的预防是晚了一点，因为这个时候的女性自体的雌激素已逐渐自然减少。
 
          大豆异黄酮的吸收率：无糖基结构最易吸收
 
大豆异黄酮有两种形态：
一种是分子量大、活性低的配糖体异黄酮，肠道吸收率只达20%。
天然的大豆异黄酮大多含有糖基，不易被人体吸收，需经由肠内细菌分解产生无糖基的大豆异黄酮才易为人体吸收利用。

不同结构的异黄酮会有不同的活性与吸收率：

配糖体异黄酮（Aglycone Form）：如Genistein、Daidzein，分子量较小，在人体肠道的吸收率大约可达到90%。
非发酵性豆制品，如豆腐、豆干、豆浆所含的大豆异黄酮都是活性低的配糖体异黄酮，吸收率不高。
发酵豆制品包括味精、豆豉、腐乳和酱油等食品，这些豆制品除了含有大豆固有的优质营养，还含有丰富的去糖体异黄酮，它是大豆和豆腐中原有的异黄酮经发酵转化的，但比原有的异黄酮功能性更强，且更易吸收。
如果想要以萃取出的大豆异黄酮来做为保养，也必须区分保健产品中的异黄酮结构是否为发酵过的去糖体异黄酮形式。